El órgano máximo de gobierno de la Asociación es su Asamblea General. Además existe un Comité de Dirección, elegido por ésta y compuesto por empresas asociadas. Actualmente existen además los comités de Internacionalización y el de Estrategia y Comunicación. Ambos igualmente conformados por representantes de empresas asociadas.

Tanto el comité de dirección como la propia asociación están presididas por la figura del Presidente. En la actualidad la presidencia recae en la empresa ARCELORMITTAL ESPAÑA, a través de D. Víctor Ruiz Piñeiro.

Las empresas que componen el actual comité de dirección de MAFEX son:
AMURRIO FERROCARRIL Y EQUIPOS, S.A.
ARCELORMITTAL ESPAÑA, S.A.
CAF – CONSTRUCCIONES Y AUXILIAR DE FERROCARRILES, S.A.
DURO FELGUERA RAIL, S.A.U.
IDOM INGENIERÍA Y CONSULTORÍA, S.A.
INDRA SISTEMAS, S.A.
INGETEAM POWER TECHNOLOGY, S.A.
LA FARGA LACAMBRA, S.A.U.
METALOCAUCHO, S.L.
PATENTES TALGO, S.L.
SENER INGENIERÍA Y SISTEMAS, S.A.
THALES ESPAÑA GRP, S.A.U.