MAFEX fue creada el 16 de septiembre de 2004 en Madrid, con el apoyo de 13 empresas españolas del sector y de organizaciones como ICEX (Instituto Español de Comercio Exterior), RENFE (actualmente dividido en RENFE y ADIF) y ADAF (actualmente CETREN). En la actualidad la MAFEX cuenta con más de 60 empresas asociadas.

La Asociación pertenece al GRUPO AGEX, que agrupa también a otras cuatro asociaciones sectoriales de diversos sectores industriales de exportadores españoles, todas ellas dedicadas desde hace más de 30 años a promover la internacionalización de sus empresas asociadas. Estas cuatro asociaciones son:

AGRAGEX (maquinaria agrícola)
FUNDIGEX (fundición)
FLUIDEX (equipos para manipulación de fluidos)
SIDEREX (siderurgia)

En el año 2005 MAFEX pone en marcha su primer plan sectorial de acciones de promoción exterior para el sector ferroviario en colaboración con el ICEX (Instituto Español de Comercio Exterior.  

La asociación es reconocida en 2007 como Entidad Oficial Colaboradora del MINISTERIO DE COMERCIO, INDUSTRIA Y TURISMO a través de la Subsecretaría de Comercio.

Ya en 2007 MAFEX se asocia a UNIFE (Unión Internacional de Industrias Ferroviarias) pasando a representar a la industria ferroviaria española en el comité de asociaciones nacionales de dicha organización.

La Asociación pasa a formar parte del Patronato de la FUNDACIÓN DE LOS FERROCARRILES ESPAÑOLES como patrón del mismo en junio de 2009.