MAFEX es una asociación sin ánimo de lucro. El organo de gobierno de la asociación es su Asamblea General formada por todas sus empresas asociadas y que se reune con carácter anual, tal y como establecen sus estatutos, bajo su junta general anual. En dicha junta se toman todas aquellas decisiones y se celebran todos los acuerdos que afectan al correcto funcionamiento de la organización. 

Existe un Comité de Dirección, formado por un número de empresas de la asociación representativas de los distintos subsectores que conforman la organización. Dicho comité sirve como órgano que traslada propuestas y sugerencias a la asamblea general, haciendo a su vez un seguimiento de la gestión de la asociación. 

Tanto el comité de dirección como la propia asociación están presididas por la figura del Presidente. En la actualidad la presidencia recae en la empresa ARCELORMITTAL ESPAÑA, a través de D. Victor Ruiz Piñeiro.

Las empresas que componen el actual comité de dirección de MAFEX son:

AMURRIO FERROCARRIL Y EQUIPOS
ARCELORMITTAL ESPAÑA
CAF
FELGUERA MELT
GETINSA
INDRA SISTEMAS
INECO - TIFSA
METALOCAUCHO
REDALSA
STI GLOBAL

En MAFEX trabajan en la actualidad cuatro personas: Pedro Fortea (Director), Fernando Prieto (Técnico de Comercio Exterior), Eunate Ocerinjauregui y Noemi Bellanco (Administración).