MAFEX colabora de forma activa con distintas instituciones y organizaciones públicas y/o privadas, así como de ámbito nacional e internacional. Las entidades colaboradoras de la Asociación a día de hoy son:

- ADIF (Administrador de Infraestructuras Ferroviarias)
- ALAMYS (Asociación Latinoamericana de Metros y Subterráneos)
- CETREN
- FUNDACIÓN DE LOS FERROCARRILES ESPAÑOLES
- GOBIERNO VASCO
- ICEX (Instituto Español de Comercio Exterior)
- MINISTERIO DE FOMENTO
- MINISTERIO DE INDUSTRIA, COMERCIO Y TURISMO
- RENFE
- UNIFE (Unión Europea de Industrias Ferroviarias)

La colaboración con todas ellas persigue dotar a las empresas asociadas de la mayor representatividad posible dentro del sector en la defensa de sus intereses, así como el propio establecimiento de relaciones eficaces, duraderas, de confianza y beneficio mútuos entre la asociación y estas organizaciones u organismos.